-
1. The Beginning
8 november 1998 (45 minuten)
Mulder en Scully keren terug van Antarctica waar ze ontdekken dat hun verhaal niet wordt geloofd en dat Jeffrey Spender en Diana Fowley de X-files, die weer zijn geopend, hebben overgenomen. Ze gaan vervolgens naar de woestijn van Arizona om op zoek te gaan naar een mysterieus wezen.
-
2. Drive
15 november 1998 (45 minuten)
Mulder wordt in zijn auto gegijzeld door een vreemde man, terwijl Scully erachter probeert te komen of hij lijdt aan een ziekte. Wordt Mulder het volgende slachtoffer van een virus van de regering?
-
3. Triangle
22 november 1998 (45 minuten)
Wanneer Mulder een vliegreis maakt, ontdekt hij dat alle passagiers nog steeds vast zitten in een alternatief verleden.
-
4. Dreamland
29 november 1998 (45 minuten)
Een anonieme tip leidt Mulder en Scully naar een UFO crash en de vindingen kunnen het leven van de agenten mogelijk persoonlijk veranderen.
-
5. Dreamland II
6 december 1998 (45 minuten)
Scully probeert te ontdekken wat er zo vreemd is aan Mulder, terwijl Mulder een race tegen de klok aan gaat om zijn normale leven terug te krijgen.
-
6. How the Ghosts Stole Christmas
13 december 1998 (45 minuten)
Mulder & Scully komen vast te zitten in een verlaten huis en krijgen te maken met twee bejaarde geesten.
-
7. Terms of Endearment
3 januari 1999 (45 minuten)
Mulder en Scully proberen onderzoek te doen naar een vrouw wiens ongeboren baby op mysterieuze wijze is verwijderd, terwijl de verdenkingen uiteindelijk meer over gaan naar de vader van het kind, die een demon is.
-
8. The Rain King
10 januari 1999 (45 minuten)
Mulder en Scully reizen af om de ware geruchten te ontdekken over een man die controle heeft over het weer.
-
9. S.R. 819
17 januari 1999 (45 minuten)
FBI baas Walter Skinner wordt vergiftigd. Hij heeft nog maar 24 uur te leven en Mulder en Scully moeten uitzoeken wie hem dood wil en waarom.
-
10. Tithonus
24 januari 1999 (45 minuten)
Scully krijgt enorme promotie bij de FBI en wordt ingeschakeld om een mysterieuze fotograaf te onderzoeken die aanwezig is op verschillende plaats delicten voordat de slachtoffers sterven.
-
11. Two Fathers
7 februari 1999 (45 minuten)
Wanneer Cassandra Spender terugkeert, dreigt het complot rondom buitenaardse activiteiten bloot te leggen, terwijl de Syndicate een aantal beslissingen neemt.
-
12. One Son
14 februari 1999 (45 minuten)
Wanneer Cassandra de buitenaardse waarheid bekent, moet Mulder op onderzoek uitgaan om uit te zoeken wat de The Cigarette Smoking Man met zijn zoon Jeffrey Spender van plan is.
-
13. Agua Mala
21 februari 1999 (45 minuten)
Mulder en Scully worden om hulp gevraagd door ex-FBI agent Arthur Dales om de mysterieuze verdwijning van een familie op te lossen.
-
14. Monday
28 februari 1999 (45 minuten)
Mulder en Scully keren keer op keer terug in de tijd met een bank-overval, totdat ze de echte waarheid achter de zaak ontrafelen.
-
15. Arcadia
7 maart 1999 (45 minuten)
Mulder en Scully gaan undercover als een getrouwd koppel om een aantal verdwijningen te onderzoeken in een mysterieuze straat waar niets is dat het lijkt dat het is.
-
16. Alpha
28 maart 1999 (45 minuten)
Een hond wordt beschuldigd van een aantal moorden, maar is hij of zijn zoeker verantwoordelijk?
-
17. Trevor
11 april 1999 (45 minuten)
Een tornado verwoest een gevangenis kamp en één van de gevangenen wordt beschuldigd voor de dood van een bewaker. Mulder en Scully doen een grondig onderzoek.
-
18. Milagro
18 april 1999 (45 minuten)
Slachtoffers worden gevonden met hun hart verwijderd, en Mulder & Scully gaan op onderzoek uit om de zaak op te lossen. De verdenkingen gaan uit naar een prominent schrijver die boeken maakt over de moorden.
-
19. The Unnatural
25 april 1999 (45 minuten)
Arthur Dales verteld Mulder zijn ervaring met een honkbal speler uit 1947 die eigenlijk een alien was.
-
20. Three of a Kind
2 mei 1999 (45 minuten)
The Lone Gunmen gaat naar Las Vegas om onderzoek te doen naar Susanne Modeski die daar is gesignaleerd.
-
21. Field Trip
9 mei 1999 (45 minuten)
Er worden resten van lichamen gevonden en er wordt een nieuw organisme ontdekt in een grot.
-
22. Biogenesis
16 mei 1999 (45 minuten)
Er wordt een artefact gevonden aan de kust van Afrika. Skinner wordt gedwongen de zaak te laten rusten en het artefact lijkt een verwoestend effect te hebben op Mulder.